物流信息系統從本質上講是把各種物流活動與某個一體化過程連接在一起的通道。

一體化過程應建立在4個功能層次上：交易、管理控制、決策分析，以及制定戰略計劃系統。

交易系統是用于啟動和記錄個別的物流活動的最基本的層次。交易活動包括記錄訂貨內容、安排存貨任務、作業程序選擇、裝船、定價、開發票，以及消費者查詢等。交易系統的特征是：格式規則化、通信交互化、交易批量化，以及作業逐日化。結構上的各種過程和大批量的交易相結合主要強調了信息系統的效率。

第二層次是管理控制，要求把主要精力集中在功能衡量和報告上。功能衡量對于提供有關服務水平和資源利用等的管理反饋來說是必要的。因此，管理控制以可估價的問題為特征，它涉及評價過去的功能和鑒別各種可選方案。當物流信息系統有必要報告過去的物流系統功能時，物流信息系統是否能夠在其被處理的過程中鑒別出異常情況也是很重要的。

第三層次是決策分析，主要把精力集中在決策應用上，協助管理人員鑒別、評估、和比較物流戰略和策略上的可選方案。決策分析也以策略上的和可估價的問題為特征。與管理控制不同的是，決策分析的主要精力集中在評估未來策略上的可選方案，并且它需要相對松散的結構和靈活性，以便作范圍很廣的選擇。因此，用戶需要有更多的專業知識和培訓去利用它的能力。既然決策分析的應用要比交易應用少，那么物流信息系統的決策分析趨向于更多地強調有效(effectiveness)，而不是強調效率(efficiency)。

最后一個層次是制定戰略計劃，主要精力集中在信息支持上，以期開發和提煉物流戰略。這類決策往往是決策分析層次的延伸，但是通常，更加抽象、松散，并且注重于長期。